Višakio Rūdos bažnyčia pastatyta Skarlupio ir Višakio santakoje. Vietoje kur dabar stovi bažnyčia seniau buvo kapinės ir susikirto dviejų parapijų ribos. 1817 m. čia buvo pastatyta maža bažnyčia ir įkurta parapija, Zapyškio parapijos filija.
1867 m. į parapiją klebonu buvo atkeltas kunigas Juozapas Štrimaitis. Jaunas, energingas kunigas nepasitenkino nušiuriusa maža koplytėle ir sumanė pastatyti naują, didelę bažnyčią. Tačiau tuo metu rusų valdžia neleisdavo statyti medinių bažnyčių, leisdavo tik mūrines, todėl kunigas Štrimaitis parašę prašymą Suvalkų gubernatoriui, kad leistų bažnyčią remontuoti. Leidimą remontui gavo ir dar gavo nemokamą paskyrą stačiam miškui, kitą biržę nupirko pats. Bažnyčią pradėjo statyti aplink koplyčią. Visi parapijiečiai veikė kažkokį darbą, tačiau darbai vistiek užtruko ketverius metus. Baigiant statyti bažnyčią buvo nugriauta senoji koplyčia, geresni sienojai sudėti į tarpulanges, o likusi medžiaga nuvešta prie šaltinėlio ir ten pastatyta koplytėlė.
1887 m. Rugpjūčio 23 d. Švento Stanislovo titulu bažnyčią konsenkravo Seinių vyskupijos vyskupas Juozapas Oleka. Bažnyčiai altorius įrengė vietiniai dailidės. Altorius ir kita apdaila padaryti daug vėliau. 1902 m. pastatyti vargonai, nupirkta montracija. Pirmas varpas nupirktas 1844 m., antrą varpą paaukojo viena moteris. Antrojo pasaulinio karo metu, kad Vokiečiai nenukabintų ir neišsivežtų varpų, Višakio Rūdos jaunimas juos nuėmė ir paslėpė, tačiau bevežant vienas varpas įskilo ir taip bažnyčia liko tik su vienu varpu. Nuo 1883 m., bažnyčia perdažyta daugybę kartų. Paskutinį kartą bažnyčia dažyta 2012 m.,taip pat pakeisti lietvamzdžiai, stogas.
Bažnyčia stačiakampio plano, barokinių proporcijų, su dviem bokštais. Šventoriaus tvora medinių statinių, su mūriniais stulpais. Šv. Vyskupo Stanislovo bažnyčia yra vienintelis medinis neobarokinio stiliaus sakralinis pastatas Sūduvoje.
Bažnyčia yra didžiausia medinė bažnyčia Sūduvoje. Bažnyčia rengdavo Baltramiejaus atlaidus kurie suburdavo daugybę žmonių. Atlaidai rengiami ir dabar, tačiau žmonių atvyksta daug mažiau, nors šis atlaidas žinomas ir už Višakio Rūdos apylinkių.
Bažnyčios aplinka tvarkoma Višakio Rūdos bendruomenės, 2013 metais bažnyčia atnaujinta, sutavarkyta pagal klebono V. Strioko sudarytus planus. Lėšos gautos iš Europos Sąjungos.
1867 m. į parapiją klebonu buvo atkeltas kunigas Juozapas Štrimaitis. Jaunas, energingas kunigas nepasitenkino nušiuriusa maža koplytėle ir sumanė pastatyti naują, didelę bažnyčią. Tačiau tuo metu rusų valdžia neleisdavo statyti medinių bažnyčių, leisdavo tik mūrines, todėl kunigas Štrimaitis parašę prašymą Suvalkų gubernatoriui, kad leistų bažnyčią remontuoti. Leidimą remontui gavo ir dar gavo nemokamą paskyrą stačiam miškui, kitą biržę nupirko pats. Bažnyčią pradėjo statyti aplink koplyčią. Visi parapijiečiai veikė kažkokį darbą, tačiau darbai vistiek užtruko ketverius metus. Baigiant statyti bažnyčią buvo nugriauta senoji koplyčia, geresni sienojai sudėti į tarpulanges, o likusi medžiaga nuvešta prie šaltinėlio ir ten pastatyta koplytėlė.
1887 m. Rugpjūčio 23 d. Švento Stanislovo titulu bažnyčią konsenkravo Seinių vyskupijos vyskupas Juozapas Oleka. Bažnyčiai altorius įrengė vietiniai dailidės. Altorius ir kita apdaila padaryti daug vėliau. 1902 m. pastatyti vargonai, nupirkta montracija. Pirmas varpas nupirktas 1844 m., antrą varpą paaukojo viena moteris. Antrojo pasaulinio karo metu, kad Vokiečiai nenukabintų ir neišsivežtų varpų, Višakio Rūdos jaunimas juos nuėmė ir paslėpė, tačiau bevežant vienas varpas įskilo ir taip bažnyčia liko tik su vienu varpu. Nuo 1883 m., bažnyčia perdažyta daugybę kartų. Paskutinį kartą bažnyčia dažyta 2012 m.,taip pat pakeisti lietvamzdžiai, stogas.
Bažnyčia stačiakampio plano, barokinių proporcijų, su dviem bokštais. Šventoriaus tvora medinių statinių, su mūriniais stulpais. Šv. Vyskupo Stanislovo bažnyčia yra vienintelis medinis neobarokinio stiliaus sakralinis pastatas Sūduvoje.
Bažnyčia yra didžiausia medinė bažnyčia Sūduvoje. Bažnyčia rengdavo Baltramiejaus atlaidus kurie suburdavo daugybę žmonių. Atlaidai rengiami ir dabar, tačiau žmonių atvyksta daug mažiau, nors šis atlaidas žinomas ir už Višakio Rūdos apylinkių.
Bažnyčios aplinka tvarkoma Višakio Rūdos bendruomenės, 2013 metais bažnyčia atnaujinta, sutavarkyta pagal klebono V. Strioko sudarytus planus. Lėšos gautos iš Europos Sąjungos.